Jan Krzysztof Ardanowski studiował na Wydziale Rolniczym Akademii Techniczno-Rolniczej w Bydgoszczy; po studiach prowadził indywidualne gospodarstwo rolne. Od 1992 do 2002 był wiceprzewodniczącym Krajowej Rady Doradztwa Rolniczego, a w latach 2003–2007 prezesem Krajowej Rady Izb Rolniczych.
Od 1993 działał w PSL. W okresie 1998–2002 z ramienia Akcji Wyborczej Solidarność zasiadał w sejmiku kujawsko-pomorskim I kadencji. Od 2001 związany jest z Prawem i Sprawiedliwością. Od 3 listopada 2005 do 21 grudnia 2007 był wiceministrem rolnictwa. Od stycznia 2008 był doradcą prezydenta Lecha Kaczyńskiego ds. wsi i rolnictwa. W 2010 ponownie został wybrany do sejmiku.
W wyborach w 2011 uzyskał mandat poselski, kandydując jako lider listy PiS w okręgu toruńskim. W roku 2015 ponownie został wybrany posłem. W Sejmie obecnej kadencji zasiada w komisjach ds. energii i skarbu państwa oraz rolnictwa i rozwoju wsi.
